عمر در اخرین روزهای عُمر خود، شش تن از صحابیان را مامور نمود در مدت سه روز خلیفه مسلمانان را تعیین کنند. این شش نفر عبارت بودن از:

بنوشته تاریخ یعقوبی عمر ابو طلحة بن زید بن سهل انصاری را بر این کار گماشت و گفت: اگر چهار نفر نظری دادند و دو نفر مخالف شدند، آن دو نفر را گردن بزن و اگر سه نفر توافق کردند و سه نفر مخالفت نمودند، سه نفری که عبد الرحمان در میان ایشان نیست، گردن بزن، و اگر سه روز گذشت و بر کسی توافق حاصل نکردند، همه ایشان را گردن بزن».[۴]

بنوشته یعقوبی در این سه روز مذاکرات زیادی انجام شد و نتیجه بین علی و عثمان مردّد شد. عبدالرحمن از علی پرسید: اگر با تو بیعت کنیم آیا حاضر می شوی به کتاب خدا و سنت رسول الله و به شیوة دو خلیفة پیشین رفتار کنی؟ جواب علی به عبدالرحمن این جمله بود که :به کتاب خدا و سنت رسول الله عمل خواهم کرد. عبدالرحمن همین سوال را از عثمان کرد و عثمان جواب مثبت داد و همه شرایط را پذیرفت و لذا او به خلافت رسید[۵]

دوران خلافت

از کارهای عثمان جمع‌آوری قرآن و بوجود آوردن نسخهٔ واحد برای قرآن بود که در زمان خلیفهٔ اول با نظارت و اجماع صحابه صورت گرفت. در دوران خلافت او، قلمرو تصرف‌شده توسط مسلمانان به اوج خود در دوران خلافت رسید، این بزرگ شدن قلمرو اسلامی باعث بوجود آمدن مسایل تازه‌ای در نحوهٔ تعامل جامعهٔ اولیهٔ اسلامی و قلمروهای تازه بدست آمدهٔ اسلامی شد که عثمان که در آن زمان به پیری رسیده بود، نتوانست به‌خوبی از عهدهٔ این امر بربیاید.[۲] در زمان او دامنهٔ قلمرو اسلامی به بلخ و قبرس رسید. او برای کنترل بیشتر اعضای خاندان خود را به امیری فرستاد.[۶]

این روش حکومت مخالفت های زیادی را برانگیخت. مخالفان او، عثمان را به خویشاوندسالاری و فساد متهم می‌کردند. سر دسته مخالفان او عایشه، همسر پیامبر و دختر ابوبکر، و علی داماد محمد بودند.[۲] علی حداقل به لحاظ معنوی سردستهٔ مخالفان عثمان بود. در دوران خلافت عثمان، علی به همراه صحابهٔ دیگری از محمد از جمله طلحه و زبیر از منتقدان عثمان بودند. او عنوان می‌داشت که عثمان از سنت پیامبر دچار انحراف شده‌است. مهمترین موارد اختلاف با عثمان بر سر اجرای حدود اسلامی بود. علی اصرار داشت که حدود الهی باید اجرا شود. از جمله در قضیهٔ شرب‌نوشی ولید، حاکم کوفه، که گفته می‌شود حد به دست خود علی اجرا شد. او در امور سیاسی حداقل به لحاظ معنوی نیز از سرکردگان مخالف عثمان شناخته می‌شد. در قضیه تبعید ابوذر با وجود ممنوعیت تعیین شده توسط عثمان او با فرزندانش ابوذر را بدرقه کرد.[۷]

غنایم بدست‌آمده از مناطق فتح‌شده در زمان عثمان چندان زیاد نبود. لشکریانی که در این فتوحات شرکت داشتند، به عثمان اعتراض کردند که چرا غنایم را که از نظر آنان تماماً باید به کسانی که در جنگ تعلق می‌گرفت را تماماً بین آنها تقسیم نکرده و بخشی از آن را به والیان شهرها و قوم و خویش خود داده است و از غنایم در ساخت موارد عام‌المنفعه استفاده برده است. البته این روش، پیشتر توسط عمر نیز اجرا می‌شده است. دانشنامهٔ اسلام بر این باور است که این اقدام عثمان تنها راهی برای سرمایه‌دار کردن قوم و خویشش نبوده، بلکه اقدامی هوشمندانه برای اختصاص دادن بخشی از غنایم برای امورات مناطق بوده است. البته این اقدام با رویهٔ اختصاص دادن تمامی غنایم به جنگجویان مشارکت‌کننده در فتوحات، تناقض دارد.[۱]

ضرورت کم‌کم ایجاب می‌کرد که امپراطوری اسلامی به فکر یک سازمان اداری منسجم همانند مدل‌های مشابه در کشورهای بیزانس و ایران بیفتد. البته این مهم در زمان عمر تا حدودی طرح‌ریزی شده بود و بعدها توسط سلسلهٔ امویان گسترش یافت و در دوران عباسیان شکوفا گردید. این سیستم جایگزین ساختار سنتی و نامناسب و آشوب‌زای ملوک‌الطوایفی اعراب بود. دانشنامه اسلام می‌نویسد گرچه سرزنش‌هایی به وی می‌شد که نمی‌تواند روش مناسب برای اجرای این طرح را پیدا کند و یا از پس این کار بر نمی‌آید، اما طرح وی طرحی مناسب بود و همان اهداف طرح عمر را دنبال می‌کرد. علاوه بر آن، بحران‌های اقتصادی ای که به خاطر سرمایه‌داری ناگهانی اعراب به وجود آمده بود باعث شد که عثمان به این فکر بیفتد که مبلغی از مستمری جنگجویان را کم کند و به موارد دولتی تخصیص دهد. این مهم باعث بروز نارضایتی‌ها از وی شد.[۱]

دورهٔ خلافت عثمان از لحاظ تاریخی به دو دورهٔ شش سالهٔ خوب ۲۹-۲۳ هجری و دورهٔ هرج و مرج و بی‌قانونی ۳۰-۳۵ هجری تقسیم می‌شود. علت این تغییرات به صورت افسانه‌وار به‌علت افتادن خاتم (انگشتر) محمد از دست عثمان در چاه اریس در سال ۳۰ هجری دانسته می‌شود. در همین دوران، اولین آشوب‌ها در امت اسلامی در منطقهٔ عراق که از بحران اقتصادی رنج می‌برد شروع گردید. ابوذر غفاری که از اولین ساده‌زیستان در اسلام بود، در این دوران به همراه اهل خانواده‌اش به شام تبعید شد و بعد از آن به ربذه فرستاده شد و در آنجا به‌علت فقر و تنگدستی درگذشت. گرچه در مورد شخصیت وی اغراق شده است، اما وی به‌عنوان شخصیتی ساده‌زیست و با تقوا در برابر رویکرد تجملی دوران عثمان مطرح است.[۱]